L'époque moderne

Au XVIème siècle, Agde est attaquée deux fois par les protestants au cours des guerres de religion. Henri II de Montmorency aime venir à Agde ; Connétable de France depuis 1593, il fait construire l’église de Notre-Dame du Grau et la chapelle de l’Agenouillade. Les premières joutes connues à Agde sont faites en son honneur en 1601.

De 1586 à 1610 : construction de Fort Brescou sur un îlot rocheux au large du Cap d’Agde pour la surveillance de l’entrée du futur port « Louisville » (à l’emplacement de l’actuel Centre-Port) et des bateaux en provenance de Marseille vers l’embouchure du fleuve. Ce port ne verra pas le jour et le Fort Brescou, démoli en 1632, sur ordre de Louis XIII, sera reconstruit et agrandi par Vauban en 1680 ; il devient alors prison d’Etat.
Le cardinal de Richelieu fait commencer la construction d’un môle pour relier le Cap à Brescou. Sa mort, le 4 décembre 1642, retarde les travaux. Ils sont abandonnés en 1651.

Au début du XVIIème siècle , un Agathois, Terrisse, né en 1598, s’illustre comme marin et comme bienfaiteur de sa ville. Navigateur renommé à partir de 1660, il devient armateur de plusieurs navires. Premier Consul à plusieurs reprises, à sa mort, en 1673, il lègue sa fortune aux pauvres et décide la création d’une charité.

Vers 1688, Charles Dellon, né à Agde, publie «La relation de l’Inquisition de Goa», ouvrage sur la répression religieuse qu’apportèrent autrefois en Asie les Européens. Ces textes inspirèrent les philosophes du Siècle des Lumières : Montesquieu, Lesage, le marquis d’Argens, d’Alembert... et même Voltaire dans Candide.